英矽智能发起成立AI药物研发基准质量开放联盟 O3DC
临床阶段生成式人工智能（AI）驱动的药物研发公司 Insilico Medicine（“英矽智能”；HKEX: 3696）今日宣布发起成立开放药物研发联盟（Open Drug Discovery and Development Consortium，简称 O3DC）。
这是一项旨在探讨如何评估计算药物研发方法的开放倡议，同时该联盟发布了首个共享资源：一个由社区共同维护、涵盖该领域所依赖各项基准的索引。O3DC 基准索引收录了跨越 10 个类别的上百项基准测试，涉及15个联盟与倡议，涵盖分子性质预测、对接与姿态预测、结合亲和力、生成式设计、逆合成、靶点识别、临床预测以及 AI Agent 评估。
对于每个基准测试，索引均记录了其衡量指标、维护主体、代码存储位置，以及该代码库是否仍处于活跃状态——每次加载页面时，系统都会通过 GitHub 对活跃状态进行实时验证。此外，该索引还记录了其他同类目录所不具备的内容——已知的局限说明。即那些已被文献记载的偏见、局限性或已公开发表的质疑，而基准测试自身的官方说明中却从未提及。
“基准测试定义了我们这个领域所认可的‘进步’，”英矽智能创始人兼首席执行官Alex Zhavoronkov博士表示，“虽然我们非常擅长发现基准测试的缺陷，却没有一个地方能记录这些见解。它们被埋没在某篇你必须预先知道其存在的论文讨论区里，而那个基准测试的引用量却还在持续攀升。O3DC 为这些认知提供了一个家——就紧挨着基准测试本身。”
一项标准的行业测试，可能完全不需要触及它原本旨在评估的数据就能轻松过关。例如，尽管 DUD-E 长期以来一直作为虚拟筛选的标准基准，但研究表明其存在关键偏见：模型仅凭配体特征就能区分活性分子和诱饵分子，而未能捕捉到真实的蛋白质-靶点相互作用。因此，高基准得分很少能转化为现实中基于结构的筛选能力。
因此，虽然 DUD-E 并未彻底淘汰，但研究人员必须考虑到其架构缺陷，而非直接照单全收其性能表现。类似地，PDBbind 为大多数机器学习评分函数提供支持，同时又是其主要评估基准 CASF 的基础，这引入了学术文献中极少被量化的数据泄漏和重叠问题。
更让模型验证雪上加霜的是，PoseBusters 的研究表明，几种深度学习对接工具虽然在 RMSD 指标上表现优于传统方法，但却频繁生成违反基本物理规律的构象姿态。虽然这些关键局限性在学术文献中有着充分的记载和广泛的共识，但研究人员在下载数据时却得不到任何相关提示。
为了弥补这一空白，英矽智能发起了开放药物研发联盟，并同步推出了其核心共享资源：一个由社区共同维护的领域核心基准索引。极致透明：全员开放，坦承局限 社区驱动：完全免费且无需注册；每个条目均设有公开讨论区，供维护者与用户对已记录的发现提出质疑与探讨。社区驱动：完全免费且无需注册；每个条目均设有公开讨论区，供维护者与用户对已记录的发现提出质疑与探讨。
一视同仁的严苛标准：英矽智能将自身的工具（包括最新推出的 DDD Benchmark、Science MMAI Gym、TargetBench 以及 ChemCensor）与其他所有条目并列展示。
一视同仁的严苛标准：英矽智能将自身的工具（包括最新推出的 DDD Benchmark、Science MMAI Gym、TargetBench 以及 ChemCensor）与其他所有条目并列展示。毫无保留的局限说明：针对英矽智能的 DDD Benchmark所记录的说明事项中明确指出：其参考基准线属于商业机密，不接受独立审查。
毫无保留的局限说明：针对英矽智能的 DDD Benchmark所记录的说明事项中明确指出：其参考基准线属于商业机密，不接受独立审查。“只有对发起机构采取完全相同的标准，这样的索引才具有可信度，” Alex Zhavoronkov博士表示，“我们宁愿公开接受批评，也不愿去宣称一种无法被证明的中立。”
自成立以来，英矽智能已提名 33 个临床前候选化合物，获得超过 10 项新药临床试验（IND）批件，并将提名 PCC（临床前候选化合物）的时间缩短至约 12 到 18 个月，而传统药物研发通常需要 2.5 到 4 年以上。
其核心管线 Rentosertib (ISM001-055) 是一款首创的（first-in-class）、由 AI 发现并设计的 TNIK 抑制剂，目前正处于治疗特发性肺纤维化（IPF）的 III 期临床开发阶段。如何参与 O3DC 向学术界、工业界和独立研究领域的所有研究人员开放，无需缴纳会员费，亦无排他性限制。
联盟目前正在积极征集贡献者，共同更新现有条目、收录尚未归档的基准，并领衔特定类别的维护管理。
欢迎访问索引页面：www.o3dc.org 如有问询或申请加入，请联系：[email protected] 关于英矽智能 英矽智能是一家全球先锋生物科技公司，致力于整合人工智能和自动化技术，加速药物发现并推动生命科学领域的创新，赋能人类更长久更健康的生活。2025年12月30日，公司于香港联交所主板挂牌上市，股票代码：03696.
HK。利用自主研发的Pharma.AI 平台和先进的自动化生物学实验室，英矽智能正在为纤维化、肿瘤学、免疫学、疼痛、肥胖和代谢紊乱等未满足的疾病领域提供创新药物解决方案。此外，英矽智能持续将Pharma.AI应用拓展到多元化领域，如先进材料、农业、营养产品及兽医药物。
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